Les missions des préfectures et sous-préfecures peuvent se diviser en six grand thèmes :
1- La représentation de l'Etat et la communication
Le préfet est le seul représentant de l'Etat dans le département ; les sous-préfets sont chargés de l'assister. Délégué du gouvernement, il représente directement le Premier ministre et chacun des ministres. Il a la charge des intérêts nationaux, et assure donc la direction des services de l'Etat dans le département ou la région. Le préfet n'a aucune attribution judiciaire, en vertu du principe de séparation des pouvoirs, ni militaire, bien qu'il dispose d'un pouvoir de réquisition à des fins civiles. Le préfet de région représente le gouvernement uniquement auprès de la collectivité régionale, et dirige les services administratifs civils de l'Etat dans la région. Il coordonne l'action des préfets de département dans les domaines qui sont de compétence régionale. Cela illustre la complémentarité des échelons territoriaux, facteurs de cohérence de l'action administrative.
2- La sécurité des personnes et des biens
Nouveau phénomène de société, la question de la sécurité est marquée par la multiplication des risques : ordre public, lutte contre la délinquance, sécurité civile, sécurité industrielle et alimentaire… Les acteurs se multiplient, la sécurité devient l'affaire de tous. L'actualité du dédut du XXIe siècle a montré notamment à quel point les préfectures étaient sollicitées en période de crise, le préfet faisant figure de chef d'orchestre et coordonnateur pour l'ensemble des services impliqués. Or la garantie de la sécurité (maintien de l'ordre, protection des personnes et des biens, des réseaux de communication et de transport, prévention et traitement des risques naturels ou technologiques) constitue une condition préalable à l'exercice de toute activité, et par conséquent au fonctionnement normal de la démocratie. Le préfet de département a la charge de l'ordre public et de la protection des populations. Il dirige les opérations de secours. Il a donc un rôle essentiel dans la régulation des conflits et des tensions de toute sorte ainsi que dans la gestion des crises. comité de défense de la zone, qui groupe tous les préfets de la zone et l'autorité militaire, et permet de coordonner les mesures de défense à l'échelon zonal. Il contrôle l'exercice du pouvoir des préfets de région et de département en matière de défense civile. En cas de crise grave, ce contrôle peut se transformer en autorité hiérarchique en toute matière sur toutes les administrations civiles de la zone.
3- Le service au public et la délivrance des titres
Face à un public de plus en plus exigent en matière d'accueil, et de nature hétérogène, les préfectures ont actuellement pour priorité la qualité de l'accueil, dans ses multiples aspects : courtoisie, confort, confidentialité, accessibilité, délais… Cette exigence se traduit pas le souci de voir les préfectures s'engager vis a vis des usagers via l'adoption de chartes d'accueil du public. Il s'agit également de développer les nouvelles technologies, les téléprocédures et les démarches par correspondance, afin de soulager les services d'accueil physique et leur permettre ainsi d'assurer aux publics le nécessitant un accueil personnalisé. Leurs compétence en matière de réglementation recouvrent la délivrance des titres d'identité, l'application des règles relatives à l'entrée et au séjour des étrangers, la circulation et la sécurité routières, les procédures d'autorisation de toute sorte et les enquêtes publiques à l'initiative de l'Etat. Ainsi pour l'année 2000, les préfectures et les sous préfectures ont délivré environ 1 million de permis de conduire et 250 000 duplicata émis à la suite de pertes ou de vols, 11 millions de cartes grises, 6 millions de certificats de non-gage, 6 millions de cartes nationales d'identité et 2 500 000 passeports. Les préfectures sont également chargées de l'organisation de la vie démocratique, la citoyenneté et l'exercice des droits qui y sont liés, la nationalité, la police administrative, l'environnement et l'urbanisme, la notion d'utilité publique. Les services préfectoraux assurent ainsi l'organisation de l'ensemble des opérations électorales dans le département (élections nationales, locales, européennes, référendums), en liaison avec les mairies. Ils veillent à l'application de la législation relative aux partis politiques et à la transparence de la vie politique.
4- Le respect de la légalité et de l'Etat de droit
Les préfectures ont traditionnellement des fonctions juridiques qui s'exercent actuellement dans un environnement de plus en plus complexe , marqué par une multiplication des textes, le développement de l'intercommunalité, le recours croissant des citoyens à la Justice et la croissance des tâches de contrôle des collectivités… Cette fonction juridique des préfectures ne peut plus dès lors être considérée aujourd'hui comme allant de soi, elle doit faire l'objet d'une réaffirmation et consolidation, par le biais de structures adaptées, avec le soutien de l'administration centrale. Ces structures sont apparues dans les préfectures, sous la forme des pôle juridiques. Les pôles interrégionaux de contrôle de légalité viendront également renforcer la capacité d'intervention des préfectures sur des domaines d'expertise pointus. Le contrôle administratif des collectivités locales comporte à la fois le contrôle de légalité et le contrôle budgétaire de leurs actes et de ceux de leurs établissements publics. Il s'exerce a posteriori, c'est à dire après transmission des actes au préfet, sans entraver leur exécution. C'est une mission primordiale dans un Etat de droit. Le contrôle administratif s'applique également aux organismes publiques exerçant une mission d'intérêt général et utilisant des fonds publics ou percevant des ressources parafiscales (établissements d'enseignement, chambres consulaires, organismes de logements sociaux, établissements sociaux, etc.) ; il s'exerce, selon les cas, par autorisation ou par contrôle a posteriori. Le contrôle administratif s'effectue avec le concours des services déconcentrés de l'Etat, et nécessite une articulation avec les juridictions administratives et les chambres régionales des comptes, que les préfets peuvent saisir pour faire annuler un acte illégal, suspendre l'application d'un acte contesté, ou rendre un avis juridique ou financier. Le contrôle administratif s'exerce dans un esprit d'aide et de conseil. A travers ce contrôle, les préfectures et les sous préfectures assurent une fonction de régulation et d'arbitrage, qui illustre leur rôle de garant de l'Etat de droit. En 1998, 69 millions d'actes ont été soumis au contrôle de légalité, dont 106 930 examens de budget (comptes administratifs). Il a 1 729 saisines du juge administratif et 646 saisines des chambres régionales des comptes.
5- L'intégration sociale et la lutte contre les exclusions
Sous l'autorité et l'impulsion du préfet, la préfecture assure la coordination et l'explication à l'échelon territorial des politiques interministérielles. Au premier rang de ces politiques figure naturellement la mise en oeuvre de la loi de lutte contre les exclusions qui recouvre des domaines variés (emploi, santé, politique de la ville..) Pour la mise en oeuvre de ces politiques, la capacité de synthèse de la préfecture résulte du pouvoir de direction des services de l'Etat reconnu au préfet. Ses contacts avec les hommes et les territoires, notamment ceux qu'établissent les sous-préfectures, garantissent à l'échelon central une information et une connaissance aussi fines que possible du contexte dans lequel doivent agir les pouvoirs publics, en relation avec les collectivités territoriales.
6- L'administration du territoire et le développement économique
Cette mission vise à favoriser le développement harmonieux de la vie économique, sociale et culturelle du département. Les politiques de solidarité, l'aménagement du territoire à travers les contrats conclus avec les collectivités territoriales, et la programmation des crédits des fonds structurels européens, constituent des axes privilégiés. Elle consiste à encourager l'implantation et la création d'entreprises, à exécuter les programmes communautaires ou nationaux d'aide à l'investissement public ou privé, à élaborer des programmes d'aide au logement, à mettre en oeuvre les actions de soutien de l'emploi ou les actions de solidarité envers les personnes défavorisées. L'ensemble de ces domaines très variés de compétence fait du préfet l'interlocuteur incontournable de tous les acteurs de la vie politique, économique et sociale du département, qu'il s'agisse des collectivités locales, des entreprises, des organisations professionnelles ou syndicales, des établissements scientifiques, etc. Le préfet de région est notamment responsable des contrats de plans des équipements publics ainsi que des programmes communautaires des fonds structurels européens Les préfectures, pour un grand nombre de domaines, jouent donc un rôle majeur dans la coordination interministérielle des politiques publiques, en matière d'environnement et d'urbanisme par exemple, ou bien dans l'ordonnancement des crédits de l'Etat et des crédits communautaires.